Naast teeltgebonden plagen zoals wortelvlieg behoren ook enkele ‘polyfage’, niet waardplantspecifieke plagen tot de probleemplagen in de biologische groenteteelt. Emelten, aardrupsen en bonenvlieg zijn zo’n polyfage probleemplagen die verschillende gewassen kunnen aantasten. De mate waarin ze voorkomen en schade aanrichten is sterk afhankelijk van de bedrijfssituatie (teelten, teeltrotatie en bedrijfsomgeving). Op een aantal biologische bedrijven zorgen ze ieder jaar voor een matige tot aanzienlijke opbrengstderving in diverse gewassen.

Escherichia coli  (E. coli) is de meest voorkomende bacterie bij pluimvee. Vlekziekte wordt de laatste jaren meer en meer gediagnosticeerd op legbedrijven met een alternatieve productie (scharrel, vrije uitloop en biologische productie). Vlekziekte is een “oude” ziekte die nu regelmatig opduikt en tot grote economische verliezen kan leiden. De biologische pluimveehouderij staat voortdurend voor de uitdaging om infecties door E. coli en vlekziekte op een alternatieve manier te controleren.

Coccidiose is een van de belangrijkste ziekten bij jongvee op een rundvee- en geitenbedrijf. Bij geiten komt de ziekte op vrijwel alle bedrijven voor, in sommige gevallen met ernstige economische schade. Bij melkveebedrijven is de ziekte minder voorkomend, maar komt dikwijls in subklinische vorm voor. De behandelingskosten, verliezen door sterfte en de extra arbeid tijdens de behandeling worden meteen gevoeld. Economische gevolgen op langere termijn ontstaan uit een lagere productiviteit als gevolg van een mindere groei van het jongvee.